擅自加班的认定主要基于以下几点：
未经过单位或领导的同意：
擅自加班应当理解为在法定工作时间以外工作，且没有得到单位或领导的同意。这是认定擅自加班的核心要素。
主观故意：
擅自加班通常涉及行为人主观上积极、主动、故意为之的意愿，即明知自己的行为会违反单位规定或政策，但仍然选择进行加班。
实际行为：
除了主观故意外，还需要有实际的行为，即将工作时间用于非工作目的，如个人事务或他人事务。
单位规定与审批流程：
虽然单位通常会统筹安排加班并设立加班审批制度，但实务中并非每次加班都严格走审批流程。有时即使没有完成审批程序，劳动者也可能因领导的要求而加班。因此，法院在认定擅自加班时，不会仅仅依据是否完成加班审批程序，还会考虑加班的出发点是否是完成单位安排的工作，以及加班事项是否获得了单位或领导的认可。
综上所述，擅自加班的认定需要综合考虑是否经过单位或领导的同意、行为人的主观故意、实际行为以及单位的相关规定和审批流程。只有在缺乏这些要素的情况下，才能认定为擅自加班。