企业通过网上银行代发员工工资的操作流程如下：
签订协议
发薪单位与银行协商并签订代发协议书，明确双方的责任和义务、操作程序、代理费用等。
开户手续
银行根据发薪单位提供的资料，为发薪单位员工批量办理开户手续，开设个人银行结算账户。
提交资料
在工资发放日前，发薪单位将用于支付工资的转账支票和员工工资清单（或软盘）交给代发工资网点。
开通网银
发薪单位开通企业网上银行，并下载安装企业网银客户端工具。
设置格式
选择“代发工资/报销”菜单，设置工资文件格式。
导入文件
将工资文件导入客户端工具，并生成上传文件保存到计算机上。
提交交易
录入员登录网银，将生成的上传文件导入网银并提交交易。
网银授权
网银授权员授权通过后，该笔交易提交银行主机处理，完成资金发放。
资金发放
银行在工资发放日将每位员工的工资转入相应的个人结算账户上。
注意事项
在使用网银发工资时，需要注意转账时间的选择，以及确保所有员工的工资都已正确无误地发放。
通过以上步骤，企业可以高效、便捷地通过网上银行完成员工工资的发放工作。