种猪检疫的办理流程如下：
办理相关证件
生猪养殖场户在申报产地检疫前，需要办理相关证件，例如《养殖户登记证》、《生猪养殖场选址审批证明》等。
申报检疫
养殖场户应准备好必要的文件，例如养殖场登记证、疫苗接种证明、屠宰检疫合格证等，并将养殖情况和相关资料提交给当地畜牧兽医部门进行检验和核实。
检测样本采集
畜牧兽医部门会对申报检疫的生猪养殖场进行实地检查，并进行抽样检测，包括病毒检测、细菌检测、寄生虫检测等内容。养殖场户需要配合工作人员的要求，并确保样本的准确性。
样品检验
畜牧兽医部门收到样品后，会进行实验室检测以确认无疫情。这个过程需要一定时间，养殖场户需要有耐心等待。如果样品检验不合格，需要按照要求采取相应的措施，以防止疫情扩散。
审批和发证
经过检疫部门的检查和样品检验合格后，将会审批并发放相关证书，例如《动物卫生检验合格证书》、《生猪养殖许可证》等。这些证书标志着养殖场具备出栏生猪和运输相关产品的资格。
进境种猪隔离检疫
进境种猪应在国家级隔离检疫场或经批准的指定隔离检疫场进行隔离检疫。申请使用指定隔离场，应当建立隔离场动物防疫、饲养管理等制度，并向所在地直属海关提交相关材料。海关签发的《隔离场使用证》有效期为6个月，且仅限使用一次有效。
检疫审批的办理
申请单位登录“互联网+海关”一体化平台，填写相关信息并上传有效《隔离场使用证》及其他随附资料。海关依法受理、审查、签发《中华人民共和国进境动植物检疫许可证》。
境外预检
根据相关议定书要求，海关总署可以派遣预检兽医到输出国家或地区，配合输出国家或地区官方兽医对种猪实施输出前检疫。
个体养殖户办理检疫票
个体养殖户应提前3天向当地动物卫生监督机构申报检疫，并提供相关材料，如检疫申报单、强制免疫证明、实验室疫病检测报告等。动物卫生监督机构接到申报后，会进行审查，并指派官方兽医或协检人员到现场核实信息，开展临床健康检查。合格的，将开具《动物产地检疫合格证明》。
建议养殖场户在办理种猪检疫时，提前准备好所有必要的文件和证明材料，并严格按照相关流程进行申报和检疫，以确保顺利获得检疫合格证明。