处理问题发票的方法如下：
尚未抵扣
如果发票尚未抵扣，可以退回给开票方，并要求其作废后重新开具与真实情况对应的发票。
当月抵扣
如果发票已经抵扣，但还处于开票当月，首先需要向企业所属税务机关申请作废该问题发票的抵扣，并退回给开票方，要求其重新开具与真实情况对应的发票。
已过抵扣当月
如果问题发票已经抵扣且已过抵扣当月，需要向税务机关说明取得问题发票的原因，并补缴问题发票抵扣的税款以及相应的滞纳金。
补开发票
如果发票不合规，企业应要求销售方补开或换开合规的发票。如果无法补开或换开，企业应提供能证实支出真实性的资料，如合同、协议、付款凭证等。
税务机关检查后的补救措施
如果在汇算清缴期结束后，税务机关发现企业应取得而未取得发票或取得不合规发票，企业应自被告知之日起60日内补开、换开或提供可以证实其支出真实性的相关资料。
追补扣除
对于以前年度的支出，如果因未取得合规凭证而没有税前扣除，在今年取得了符合条件的凭证，相应支出可以追补至该支出发生年度扣除，追补扣除年限不得超过五年。
处理措施
描述已经采取或计划采取的措施，如重新开具发票、联系购货方沟通、加强内部管理、改进系统等。
预防措施
提出预防类似问题再次发生的措施，如完善管理制度、加强员工培训、更新系统等。
后续跟进
说明对于已经采取的处理措施和预防改进措施的后续跟进情况。
建议企业在处理问题发票时，及时与开票方和税务机关沟通，确保按照相关规定进行操作，避免因处理不当而产生不必要的税务风险。