海关被称为“总署”的原因主要可以归纳为以下几点：
历史沿袭
在民国时代，海关被称为“海关署”，而不是“海关局”。
解放后，这一称谓被保留下来，成为习惯用法。
机构性质
海关总署是国务院的直属机构，不是国务院的组成部门。
在机构序列上，属于国务院直属机构，如国税总局、体育总局等，这些机构的局长也是正部级。
区分与定位
如果称为“海关部”，则无法与其他国务院部门区分开来，因为海关总署是国务院直属机构，不是国务院组成部门。
“署”通常表示直接隶属于一个高级机关的较低级机关，如海关总署直接隶属于国务院。
职权范围
海关是国家的进出关境监督管理机关，负责在进出关境环节实施监督管理。
海关实行垂直领导的体制，确保全国海关统一管理。
总结来说，海关被称为“总署”是历史沿袭和机构性质的体现，它直接隶属于国务院，并且作为直属机构，在机构序列中与其他国务院部门有所区别