保护小股东权益的措施主要包括：
建立权利制衡机制
强化监事会的权利，使其在特殊情况下可以采取应对措施保护公司利益。
限制大股东的表决权，例如在修改公司章程、增减注册资本等重大事项上需要三分之二以上表决权的股东通过。
对董事会的经营权加以制约。
强化小股东提议权和诉讼权力
小股东可以提议召开临时股东大会，具体依据《公司法》第43条。
扩大小股东的可诉范围，允许小股东在股东大会、董事会决议违反法律、行政法规时提起诉讼。
规定诉讼时效，例如15天，以保护公司决议效力的未决状态。
赋予小股东调查权，当有正当理由怀疑公司存在违法行为时，可请求法院或主管部门调查。
完善股东知情权
强制控股股东披露与公司的关联交易信息，使小股东能进行监督。
股东有权查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告。
规范关联交易
建立表决回避制度，防止大股东滥用表决权。
公司治理结构
引入独立董事制度，保证董事会独立性，维护小股东权益。
在董事会和监事会选举中增加职工代表的比例，削弱控股股东的独断专行。
其他措施
小股东可以单独或联合行使召集和主持股东会会议的权利。
股权优先购买权，所有股东享有的特权。
在公司连续5年盈利且符合分配利润条件但不分配时，小股东可以要求公司以合理价格回购其股权。
小股东可以请求撤销违反法律、行政法规或公司章程的股东会、董事会决议。
在特殊情况下，小股东可以申请法院解散公司。
以上措施共同构成了保护小股东权益的法律框架。