单位合同章丢失后，应按照以下步骤进行处理：
立即报告公安部门
合同章丢失后，应立即向原办理刻制合同章材料核实的公安部门报告，说明情况。
登报声明作废
在所在地设区的市以上公开发行的报纸上声明原合同章作废，以便让公众知晓该印章已丢失，避免被他人滥用。
重新刻制合同章
到公安机关指定地点补刻合同章，需要携带相关证明文件，如批准文件、登记证书、刻制公章的证明等，以便公安机关核实并备案。
更换印鉴
如果合同专用章在工商登记部门或开户行有预留印鉴，需要及时更换印鉴，以确保合同的有效性和合法性。
记录备案
重新刻制的合同章需要向公安机关办理印鉴备案，备案后方可正式启用。
采取预防措施
建议单位建立健全印章管理制度，明确印章的保管和使用责任，防止类似事件再次发生。
通过以上步骤，可以确保单位合同章丢失后能够及时、合法地补办，并保障合同的正常履行和单位的合法权益。