处理司机扣分的方法如下：
准备材料
携带个人驾驶证和车辆行驶证。
前往处理地点
前往当地交警大队或车管所的违章处理窗口。
提交资料
在违章处理窗口提交个人资料和车辆信息，进行业务办理。
查询违章记录
请求工作人员查询驾驶证分数和车辆的具体违章记录，包括违章次数、扣除的分数以及罚款金额。
确认并处理违章
确认违章信息无误后，接受处理，并打印交通违章缴款单，一式三份，签名确认并在下方注明“无异议”。
缴纳罚款
根据缴款单上的金额，在指定银行完成罚款的缴纳。注意，交警现场开具的罚单需要在15日内缴纳，否则会有滞纳金。
学习及考试
如果驾驶证被扣满12分，车主需在规定时间内参加道路交通安全法律、法规和相关知识的学习并参加考试。
异地违章处理
如果是异地违章扣分，可能需要前往违章地处理，有些情况下可以委托他人代办。
网上处理
可以通过互联网交通安全综合服务管理平台或“交管12123”手机APP处理罚款金额在200元及以下且累计记分不满12分的单一违法行为。
申诉
如果司机被误扣分，可以通过申诉来补回分数。
建议：
尽早处理违章记录，避免逾期缴纳罚款产生滞纳金。
对于扣满12分的情况，务必按时参加学习和考试，以免影响驾驶证的正常使用。