儿童合作医疗的报销流程如下：
住院前或住院后3日内登记备案
在住院前或住院后3日内，拨打老家新农合咨询电话进行登记备案。
出院后所需材料
出院后，需要携带病历复印件、汇总明细单、住院收费票据、出院证明、患者身份证、合作医疗证及居住或务工证明回参合所在地报销。
异地住院转诊手续
如果是在外务工或居住，需办理转诊转院手续，然后才可去外地住院治疗。具体流程为：在住院前或住院后3日内办理转诊手续，执转出医院的转诊证明或所住院县外医院的住院证明、合作医疗证、母亲的身份证、准生证明到新农合部门转诊处办理转诊手续。
医院新农合窗口备案
出院后，凭住院收费票据、出院证、准生证明、社保卡、母亲的身份证到本院新农合窗口报销。
直接报销
在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构内就诊时，患者可凭本人有效证件、医疗卡直接刷卡报销。在市外2级及2级以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，由参保人或其家属带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿、经办人身份证到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。
意外伤害住院报销
出院后要提交有效的意外伤害原因确认证明以及医院记录，经过农合业管中心审核、调查属实后给予报销。若无有效证明或审核不通过，则不予报销。
异地生小孩医保报销
在外地医院生小孩时，应在入院后及时向医院的医保窗口或相关部门出示身份证、社保卡和生育服务证等证件，办理就医登记手续。费用结算时，如果医院已经实现了医保异地结算，那么可以直接按照医保政策进行报销，只需支付个人自付部分的费用。如果医院未实现医保异地结算，则需要先全额支付医疗费用，然后携带相关材料回参保地进行报销。
建议：
家长在住院前或住院后及时进行登记备案，确保手续齐全，以便顺利报销。
如果在外地治疗，务必办理转诊手续，以便能够按照新农合政策进行报销。
保留好所有相关票据和证明，按照规定的流程进行报销申请。